（一）办公室
协助局领导组织协调机关日常工作；负责机关文秘、信息、档案、机要、保密、保卫、信访、宣传、督查、提案、接待、会议安排、后勤服务和综合性文稿的起草工作；组织开展调查研究，掌握全市水利与渔业工作动态。
（二）组织人事科
负责局机关并指导局属单位的组织、人事、劳动工资和社会保障工作；负责机关离退休人员的管理服务工作；指导全市水利与渔业职工队伍建设。
（三）财务科
草拟全市水利与渔业的经济调节措施，对资金的使用进行宏观调节；研究提出有关水利与渔业的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；管理、监督国家和省、市拨入各类经费的使用；对全市水利系统的国有资产进行监督管理；负责局机关并指导局属单位的财务工作；指导全市水利经济工作。
（四）水政科（挂市水政监察支队牌子）
研究提出全市水利法制建设规划，草拟有关水利方面的政策法规；组织实施水政监察和水行政执法工作；负责全市水利法律、法规的宣传普及工作；协调和处理区县和部门间的水事纠纷；承办行政复议、应诉工作。
（五）规划建设科
研究提出全市水利发展战略、中长期规划和年度计划、流域综合规划和专项规划；承办全市大中型水利基建项目建议书和可行性报告以及初步设计的审查、立项申报和审批；编制水利建设年度投资计划；负责全市水利基本建设工程的建设；负责安全生产、建设监理的行政监督和管理；指导水库库区移民管理工作。
（六）农村水利科
研究提出全市农村水利的发展规划和政策措施；组织指导全市农田水利基本建设和农村水利社会化服务体系建设；组织拟定大中型灌区规划；指导乡镇供水和农村节约用水工作；指导农田水利工程管理制度的改革；负责全市水利与渔业科学技术推广、教育、对外合作与交流工作。
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